La trayectoria de La Franja se ha visto opacada por dos descensos, una compra de franquicia. Aunado a la mala administración, a los refuerzos de mala calidad, al constante cambio de técnicos y a la poca preparación en sus fuerzas básicas, han puesto al Puebla FC en una época llena de más penas que glorias.
La historia ha reflejado que el equipo y sus dirigentes han tomado malas decisiones, las cuales han dejado a la afición poblana en dos ocasiones sin equipo de Primera División, esto sin contar la compra que Francisco Bernat y sus socios que lo ofrecieron a la hoy extinta Unión de Curtidores.
Primer descenso (Temporada 55-56)
Puebla FC tuvo que verse en la necesidad de abandonar la máxima categoría pero penosamente no fue por el mal desempeño, en esta ocasión fue la falta de un estadio que cumpliera con los requisitos que exigía la Federación Mexicana de Futbol llevaron a La Franja a la Segunda División, ya que el antiguo parque El Mirador fue incendiado por pseudoaficionados y la Femexfut tuvo que vetar al club para continuar en el máximo circuito.
¿Segundo descenso? Compran franquicia (1999)
Puebla FC pierde la categoría con un empate en Monterrey en la última jornada ante una pésima campaña que arrojó tres triunfos, cuatro empates, 10 derrotas, 15 goles a favor y 30 en contra para un total de 13 puntos, el técnico en ese momento era Alfredo Tena.
Cuando parecía que se viviría el descenso, inesperadamente durante el draft de Ixtapase anunció la venta del León por Valente Aguirre a Francisco Bernat, sin embargo ello generó protestas de la afición verde, quienes evitaron que el directivo poblano se llevara a los esmeraldas. El 23 de junio se anuncia que Puebla regresa a Primera División mediante la adquisición de la desaparecida Unión de Curtidoresy León permanece en la ciudad.
Segundo descenso (Clausura 2005)
La época obscura del Puebla FC regresó en el 2005, en esta ocasión un porcentaje de 115 puntos en 110 juegos para sumar un cociente de 1.0454 enviarían al Puebla FC a su segundo descenso en seis años, pero esta vez el dinero no evitaría esa realidad, lo que mandaría a los Camoteros a la división de ascenso. Roberto Saporitti fue el entrenador en turno, Puebla vivió el descenso a manos de Veracruz el sábado 30 de abril en el puerto, perdiendo 2-1 con goles de Walter Jiménez y Lucas Ayala.
Los números en el torneo para el olvido fueron cuatro triunfos, cuatro empates, nueve derrotas, 19 goles a favor por 29 en contra para 16 puntos. El máximo anotador fue Ignacio Quinteros con sólo cinco goles.
Este fin de semana los Camoteros se juegan la categoría, en caso de que Puebla FC pierda y Leones Negros gane, La Franja se convertiría en la franquicia con más descensos en la historia de los torneos cortos.