La directiva de los Lobos de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP) ratificaron a Rafael Puente Junior como su director técnico para el Clausura 2017 de la liga de Ascenso, torneo en el que se definirá al equipo que ascenderá al máximo circuito y que tiene a Dorados de Sinaloa con medio boleto para disputar la final por el Ascenso.

Puente Junior debutó como estratega durante este Apertura 2016 en para la fecha 13 sustituyendo a Miguel de Jesús Fuentes por los malos resultados que hubo durante las 12 jornadas que estuvo como técnico del club universitario.

Durante las cinco fechas que Puente Jr. estuvo en el banquillo universitario consiguió sólo un victoria que fue ante Cafetaleros de Tapachula en la jornada 16 por marcador de dos a uno en el estadio de la BUAP; dos empates a un gol en las jornadas 15 y 17 ante Mineros de Zacatecas y Leones Negros, respectivamente, además de dos derrotas, siendo la primera de ellas durante su debut ante los Venados de Mérida por un escandaloso cinco goles a uno. La segunda derrota fue  contra Celaya por dos goles a uno.

En el arranque del Apertura 2016 el cuadro lobezno contó con Miguel de Jesús Fuentes como su director técnico durante 11 fechas para un saldo de tres victorias, tres igualadas y cinco descalabros, razón por la que fue destituido mientras que para la jornada 12 y ante la salida de Fuentes del banquillo lobezno, Hiram Bandala se quedó como técnico interino hasta la llegada de Puente Jr.

El cuadro lobezno culminó en la posición 15 del Ascenso MX con 18 puntos gracias a las cuatro victorias, seis empates y siete derrotas que consiguió durante el certamen y que a consecuencia de dichos resultados quedó eliminado de los puestos de Copa MX para el siguiente semestre.

La ratificación se dio a conocer mediante un comunicado que el cuadro universitario emitió en las redes sociales, además de que también se confirmó que el cuerpo técnico de Rafael Puente Jr. será el mismo.