En los penales de Puebla persiste el autogobierno, las actividades ilícitas y la sobrepoblación que ha hecho que la calificación no haya mejorado desde hace seis años de acuerdo con  el Diagnostico Nacional de Supervisión Penitenciaria 2016 de la CNDH.

En general, Puebla obtuvo una calificación de 6.99 qué es la misma que tenía en 2011 cuando inició la administración de Rafael Moreno Valle pero a pesar de eso, se colocó en el Top Ten de las "mejores cárceles" ocupando la novena posición en el país.

En el caso del Cereso de  San Miguel ubicada en la capital poblana la CNDH observó que siguen siendo los reos los que controlan partes y actividades que corresponden a las autoridades con una calificación de 6.94

En el caso del centro penitenciario de Atlixco, obtuvo el peor resultado con una valoración de 4.04 puntos.

En contraparte el Cereso mejor valorado es el de Tepexi de Rodríguez con 8.30 puntos.